Detail výsledku
pqsfinder: an R/Bioconductor package for identification of potential quadruplex forming sequences
Vznik: 2016
Typ
software
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D., UIFS (FIT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D., DFIT-děkan (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc., UIFS (FIT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D., DFIT-děkan (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc., UIFS (FIT)
Popis
The main functionality of the this package is to detect DNA sequence patterns that are likely to fold into an intramolecular G-quadruplex (G4). Unlike many other approaches, this package is able to detect sequences responsible for G4s folded from imperfect G-runs containing bulges or mismatches and as such is more sensitive than competing algorithms.
Klíčová slova
G-quadruplex; quadruplex; DNA; R; Bioconductor; pattern matching; searching; annotation
URL
Licence
Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Licenční poplatek
Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek
Licenční podmínky
Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).
Projekty
Výzkum pokročilých metod ICT a jejich aplikace, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-14-2299, zahájení: 2014-01-01, ukončení: 2016-12-31, ukončen
Pracoviště