Detail výsledku

pqsfinder: an R/Bioconductor package for identification of potential quadruplex forming sequences

Vznik: 2016
Typ
software
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D., UIFS (FIT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D., DFIT-děkan (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc., UIFS (FIT)
Popis

The main functionality of the this package is to detect DNA sequence patterns that are likely to fold into an intramolecular G-quadruplex (G4). Unlike many other approaches, this package is able to detect sequences responsible for G4s folded from imperfect G-runs containing bulges or mismatches and as such is more sensitive than competing algorithms.

Klíčová slova

G-quadruplex; quadruplex; DNA; R; Bioconductor; pattern matching; searching; annotation

URL
Licence
Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Licenční poplatek
Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek
Licenční podmínky

Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).

Projekty
Výzkum pokročilých metod ICT a jejich aplikace, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-14-2299, zahájení: 2014-01-01, ukončení: 2016-12-31, ukončen
Pracoviště
Nahoru