Detail práce

Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů

Bakalářská práce Student: Marko Július Akademický rok: 2019/2020 Vedoucí: Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Jazyk práce
slovenský
Abstrakt

Rozpustnosť proteínov je kľúčový problém, ktorý úzko súvisí s požiadavkou na výrobu funkčného proteínu. Prediktor vplyvu mutácie na rozpustnosť proteínov by mohol viesť k značnému šetreniu času a financií, pretože je schopný in silico predikcie mutácií, ktoré zlepšujú rozpustnosť ešte pred zahájením hlbokého mutačného testovania v laboratóriu. V tejto práci je prezentovaný nový prediktor vplyvu mutácie na rozpustnosť proteínov SoluProtMut, založený na metódach strojového učenia. Väčšina existujúcich nástrojov predikujú tento vplyv zo sekvencie aminokyselín. Okrem tejto sekvencie, prediktor prezentovaný v tejto práci využíva aj priestorovú štruktúru proteínu, čím sa môže výrazne zvýšiť jeho presnosť.

Klíčová slova

rozpustnosť, proteín, mutácia, predikcia, strojové učenie, SoluProtMut

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
13. července 2020
Oponent
Smatana Stanislav, Ing.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby
  1. Vo vyhodnotení uvádzate, že dátová sada, na ktorej bol trénovaný nástroj OptSolMut, zdieľala značné množstvo príkladov s dátovou sadou na ktorej bol tento nástroj testovaný. Neskúšal ste tento nástroj znovu trénovať, tak aby k prieniku trénovacej a testovacej sady nedochádzalo ? Ak nástroj nie je možné pretrénovať, akým spôsobom by bolo možné sa s týmto problémom vyrovnať a získať porovnanie Vášho riešenia s metódou OptSolMut ?
  2. Je vaše řešení založeno na použití existujících modulů vhodně složených dohromady s cílem vyřešit vaši úlohu nebo jste vytvářel zcela nové metody?
  3. Jak pracujete s existujícími články?
  4. Využíval jste vlastní metody prohledávání struktur?
  5. Můžete uvést příklad mutace?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Beran Vítězslav, doc. Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Holík Lukáš, doc. Mgr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Jaroš Jiří, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Citace
MARKO, Július. Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů. Brno, 2020. Bakalářská práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2020-07-13. Vedoucí práce Hon Jiří. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/22864/
BibTeX 
@bachelorsthesis{FITBT22864,
    author = "J\'{u}lius Marko",
    type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Predikce vlivu mutace na rozpustnost protein\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2020,
    location = "Brno, CZ",
    language = "slovak",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/22864/"
}

Závěrečné práce

Nahoru