Detail práce
Efektivní varianty dynamického programování v bioinformatice
Cílem této práce je nastudovat princip efektivních algoritmů využívajících dynamické programování. S pomocí těchto znalostí vytvořit aplikaci demonstrující princip efektivních algoritmů dynamického programování v bioinformatice a sepsat zprávu shrnující výsledky. Algoritmy, obsažené v této práci, řeší zarovnání sekvencí DNA, nebo predikci sekundární struktury RNA. Tyto algoritmy jsou zde porovnávány mezi sebou pro různé hodnoty vstupů. Pro samotné zarovnání sekvencí jsou zde použity algoritmy jako Needleman-Wunch a X-drop. Pro predikci sekundární struktury RNA je použit Zukerův algoritmus, který by měl odstraňovat některé nedostatky Nussinin algoritmu a samotný Nussinin algoritmus. Rekurze je zde představována pomocí rekurzivních stromů, dynamické programování pomocí skórovací matice. Uživatel má možnost také porovnat rychlosti obou přístupů pro zadané sekvence. Pro zajištění jednoduché dostupnosti se jedná o webovou aplikaci běžící na straně klienta.
dynamické programování, rekurze, bioinformatika, zarovnání sekvencí DNA, predikce sekundární struktury RNA
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C.
- Bylo by možné přidat další optimalizace a heuristiky k implementovaným algoritmům? Stručně nastiňte možnosti.
- V jakém jazyce jste implementoval vaše algoritmy?
- Co reprezentuje matice, kterou jste prezentoval?
- Může ovlivnit výběr programovacího jazyka ovlivnit vaše výsledky?
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Grézl František, Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Smrčka Aleš, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Vašíček Zdeněk, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
@bachelorsthesis{FITBT23109,
author = "Jarom\'{i}r Fran\v{e}k",
type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
title = "Efektivn\'{i} varianty dynamick\'{e}ho programov\'{a}n\'{i} v bioinformatice",
school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
year = 2020,
location = "Brno, CZ",
language = "czech",
url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/23109/"
}