Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů

Název anglicky

Prediction of the Effect of Mutation on Protein Solubility

Jazyk práce

český

Abstrakt

Cílem práce je vytvoření prediktoru změny rozpustnosti mutovaného proteinu ze znalosti jeho původní 3D struktury. Predikce rozpustnosti proteinů je část bioinformatiky, která dosud není uspokojivě vyřešena. Přičemž především predikci ze 3D struktury není věnována náležitá pozornost.Práce obsahuje souhrn relevantních znalostí o proteinech, jejich rozpustnosti a stávajících predikčních nástrojích. Princip navrženého prediktoru je inspirován článkem Surface Patches, a práce si tak dává za cíl také ověřit výsledky v něm dosažené. Navržená predikce funguje podle změn oblastí kladného elektrického potenciálu nad povrchem proteinu.Nástroj byl úspěšně implementován a byla provedena celá řada výpočetně náročných experimentů. Z nich vyplynulo, že tímto způsobem lze elektrický potenciál, a tedy i prediktor, použít úspěšně jen u omezené množiny proteinů. Metoda použitá v článku navíc koreluje s mnohem jednodušší proměnou celkového náboje proteinu.

Klíčová slova

rozpustnost proteinů, změna rozpustnosti, predikce, rozpustnost, Surface Patches, povrchový potenciál, OptSolMut, Whitehead, dataset, PDB, predikce ze struktury, mutace, Modeller, FoldX, elektrický potenciál, agregace, kladná oblast

Ústav

Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně

Studijní program

Informační technologie, obor Bioinformatika a biocomputing

Soubory

Stav

obhájeno, hodnocení A

Obhajoba

15. července 2020

Oponent

Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.

Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně.

Otázky u obhajoby

Z jakých důvodů nebylo možné původně publikovanou metodu věrohodně reprodukovat?
Zkoušel jste ověřit vliv optimalizace WT i mutanta na přesnost predikce?
Bylo by možné dosáhnout s navrženou metodou kvalitních výsledků predikce pro některé typy proteinů?
Můžete nějak přiblížit způsob reprezentace proteinu, s níž jste pracoval?

Komise

Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bidlo Michal, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Češka Milan, doc. RNDr., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Jaroš Jiří, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Kekely Lukáš, Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen

Citace

VELECKÝ, Jan. Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů. Brno, 2020. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2020-07-15. Vedoucí práce Hon Jiří. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/23129/

BibTeX

@mastersthesis{FITMT23129,
    author = "Jan Veleck\'{y}",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Predikce vlivu mutace na rozpustnost protein\r{u}",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2020,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/23129/"
}