Detail práce

Fully Automated Method for the Design of Ancestral Proteins

Diplomová práce Student: Štěpánek Martin Akademický rok: 2021/2022 Vedoucí: Musil Miloš, Ing., Ph.D.
Název česky
Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů
Jazyk práce
anglický
Abstrakt

Stabilita proteinů je zásadní vlastností ovlivňující možnosti průmyslového použití proteinů. Tato práce se zaměřuje na vylepšení automatizovaného nástroje FireProtASR, který využívá rekonstrukci ancestrálních sekvencí pro návrh proteinů se zvýšenou stabilitou. Do tohoto nástroje byla přidána nově navržená metoda rekonstrukce successorů. Successory představují sekvence proteinů, ke kterým bude v budoucnosti směřovat evoluce. Podle současných poznatků by měly mít vyšší aktivitu než současné proteiny, společně s vyšší schopností vázat se specificky na určité molekuly. Dále bylo vytvořeno nové webové uživatelské rozhraní, které poskytuje rychlé a intuitivní ovládání nástroje FireProtASR.

Klíčová slova

proteinové inženýrství, stabilita proteinů, predikce stability, rekonstrukce ancestrálních sekvencí, successory

Ústav
Ústav informačních systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie a umělá inteligence, specializace Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
21. června 2022
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby
  1. Bylo by možné ověřit stabilitu předchůdců resp. následovníků s použitím nástrojů typu Rosetta nebo FoldX?
  2. Sekvence předchůdců i následovníků se aktuálně v nástroji predikují po jednotlivých sloupcích MSA. Je schopen se tento přístup vypořádat např. s korelovanými pozicemi nebo mutacemi vedoucími k narušení sekundárních struktur proteinu?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bidlo Michal, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Lengál Ondřej, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Matoušek Radomil, doc. Ing., Ph.D. (ÚAI FSI VUT), člen
Vašíček Zdeněk, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Citace
ŠTĚPÁNEK, Martin. Fully Automated Method for the Design of Ancestral Proteins. Brno, 2022. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2022-06-21. Vedoucí práce Musil Miloš. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/24649/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT24649,
    author = "Martin \v{S}t\v{e}p\'{a}nek",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Fully Automated Method for the Design of Ancestral Proteins",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2022,
    location = "Brno, CZ",
    language = "english",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/24649/"
}

Závěrečné práce

Nahoru