Seminář UPSY - Sumbalová, L.: HotSpot Wizard a Aminokyselinové sítě

Proteiny jsou stavebním kamenem všech živých organismů a plní mnoho různých funkcí. Jsou to řetězce aminokyselin, jejichž třídimenzionální struktura i funkce závisí právě na pořadí aminkyselin. Proteinové inženýrství je obor, který se snaží proteiny vylepšit, dosáhnout lepších vlastností, například vytvářet proteiny stabilnější či aktivnější. K tomuto účelu se prováději mutace, tedy záměny jednotlivých aminokyselin v proteinu za jiné tak, aby protein měl požadované lepší vlastnosti a zároveň neztratil vlastnosti stávající, například se nestal zcela nestabilním a neztratil svou strukturu. Najít vhodná místa pro mutace a vhodnou aminokyselinu k substituci není jednoduchý úkol. V první časti prezentace bych ráda představila nástroj HotSpot Wizard, který slouží právě k hledání vhodných míst k mutacím v proteinech a zároveň je v něm možné vypočítat stabilitu navržených substitucí. Dále představím aminokyselinové sítě, což je reprezentace proteinové struktury pomocí grafu. S využitím aminokyselinových sítí můžeme redikovat, které aminokyseliny jsou pro protein kritické a tedy by neměly být mutovány, abychom protein nepoškodily a rovněž nám tedy mohou pomoci při vytváření lepších proteinů.