Fakulta informačních technologií VUT v Brně

Detail produktu

PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations

Vznik: 2013

Název česky
PredictSNP: robustní a přesný klasifikátor pro predikci mutací asociovaných se vznikem onemocnění
Typ
software
Licence
podle podmínek - zdarma
Autoři
Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS FIT VUT)
Štourač Jan (LL)
Šalanda Ondřej, Ing. (FIT VUT)
Pavelka Antonín, RNDr. (LL)
Wieben Eric, Ph.D. (MAYO)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Klíčová slova
SNP, jednobodový polymorfizmus, predikce škodlivosti mutací
Popis
Tento nástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkci proteinu. Jeho predikce jsou založeny na výsledcích existujících nástrojů (MAPP, PhD-SNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2, SIFT a SNAP), přičemž tyto nástroje v objektivních testech významně překonává. Metodika tvorby konsenzu je popsaná v článku: "Bendl et. al. (2014) PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology, 10". Uživatelské rozhraní ukazuje nejen výsledky integrovaných nástrojů a vyvinutého meta-klasifikátoru, ale také nalezené experimentální anotace těchto mutací z databází PMD a UniProt.
__
Jádro konsenzuální funkce (klíčová, nicméně z hlediska velikosti kódu minoritní část projektu) je nahráno v příloze, viz soubor predictsnp-1.0.tar.gz.
Umístění
Licence
Nástroj je volně dostupný pro akademickou komunitu. Nelze použít pro komerční účely (z důvodu ochrany práv třetích stran - několika integrovaných metod s nesvobodnou licencí).
Nahoru