PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations

Název česky

PredictSNP: robustní a přesný klasifikátor pro predikci mutací asociovaných se vznikem onemocnění

Typ

software

Licence

Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Licenční poplatek

Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Autoři

Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Štourač Jan
Šalanda Ondřej, Ing.
Pavelka Antonín
Wieben Eric
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Brezovský Jan
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)

Klíčová slova

SNP, jednobodový polymorfizmus, predikce škodlivosti mutací

Popis

Tentonástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkciproteinu. Jeho predikce jsou založeny na výsledcích existujícíchnástrojů (MAPP,PhD-SNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2, SIFT a SNAP),přičemžtyto nástroje v objektivních testech významně překonává.Metodika tvorby konsenzu je popsaná v článku: "Bendl et. al.(2014) PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier forPrediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology,10". Uživatelské rozhraní ukazuje nejen výsledky integrovanýchnástrojů a vyvinutého meta-klasifikátoru, ale také nalezenéexperimentální anotace těchto mutací z databází PMD a UniProt.

__

Jádro konsenzuální funkce (klíčová, nicméně z hlediska velikosti kódu minoritní část projektu) je nahráno v příloze, viz soubor predictsnp-1.0.tar.gz.

Umístění

http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp/

Licenční podmínky

Nástroj je volně dostupný pro akademickou komunitu. Nelze použít pro komerční účely (z důvodu ochrany práv třetích stran - několika integrovaných metod s nesvobodnou licencí).

Soubory

gz predictsnp-1.0.tar.gz 7 kB

Pracoviště

Ústav informačních systémů (UIFS)