Detail výsledku

Clustering of Protein Substructures for Discovery of a Novel Class of Sequence-Structure Fragments

BURGETOVÁ, I.; ZENDULKA, J.; LEXA, M. Clustering of Protein Substructures for Discovery of a Novel Class of Sequence-Structure Fragments. In Information Technology in Bio- and Medical Informatics, ITBAM 2010. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer Verlag, 2010. p. 94-101. ISBN: 978-3-642-15019-7.
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D., UIFS (FIT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc., UIFS (FIT)
Lexa Matej, Ing., Ph.D., UPSY (FIT)
Abstrakt

In this paper, we propose a novel method for clustering of protein substructures that we developed to study the relationships between protein sequences and their corresponding structures. We show the results of the comparison to other commonly used methods for clustering of protein structures. Finally, we outline a procedure for finding sequence profiles that tend to occur in more than one structural conformation but the number of their structural conformations is limited. This procedure is based on our method for protein substructure clustering.

Klíčová slova

Clustering, density-based clustering, clustering of protein substructures, sequence-structure relationships in proteins

Rok
2010
Strany
94–101
Sborník
Information Technology in Bio- and Medical Informatics, ITBAM 2010
Řada
Lecture Notes in Computer Science
Svazek
6266
Konference
International Conference on Information Technology in Bio- and Medical Informatics
ISBN
978-3-642-15019-7
Vydavatel
Springer Verlag
Místo
Heidelberg
DOI
10.1007/978-3-642-15020-3_9
EID Scopus
2-s2.0-78049470351
BibTeX 
@inproceedings{BUT35834,
  author="Ivana {Burgetová} and Jaroslav {Zendulka} and Matej {Lexa}",
  title="Clustering of Protein Substructures for Discovery of a Novel Class of Sequence-Structure Fragments",
  booktitle="Information Technology in Bio- and Medical Informatics, ITBAM 2010",
  year="2010",
  series="Lecture Notes in Computer Science",
  volume="6266",
  pages="94--101",
  publisher="Springer Verlag",
  address="Heidelberg",
  doi="10.1007/978-3-642-15020-3\{_}9",
  isbn="978-3-642-15019-7"
}
Projekty
Rozpoznávání a prezentace informací z multimediálních dat, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-10-2, 2010, zahájení: 2010-04-01, ukončení: 2010-12-31, ukončen
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Výzkumné skupiny
Výzkumná skupina informačních a databázových systémů (VZ IS)
Pracoviště
Ústav informačních systémů (UIFS)
Nahoru