Detail práce

Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA

Diplomová práce Student: Jurča Jan Akademický rok: 2021/2022 Vedoucí: Smatana Stanislav, Ing.
Název anglicky
Web Application for Primer Selection for 16S rRNA Amplicon Sequencing
Jazyk práce
český
Abstrakt

Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.

Klíčová slova

metagenomika, 16S rRNA, amplikonové sekvenování, PCR, primer, webová aplikace

Ústav
Ústav počítačových systémů FIT VUT v Brně
Studijní program
Informační technologie a umělá inteligence, specializace Bioinformatika a biocomputing
Soubory
Stav
obhájeno, hodnocení A
Obhajoba
21. června 2022
Oponent
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D.
Průběh obhajoby

Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.

Otázky u obhajoby
  1. V jaké formě jsou dostupné informace o tom, že daný primerový pár je schopen amplifikovat konkrétní 16S rRNA sekvenci?
  2. Uvažuje vytvořená aplikace výskyt různých variant 16S rRNA v rámci jednoho organizmu? Pokud ne, dala by se o tuto možnost rozšířit?
Komise
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), předseda
Bidlo Michal, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
Lengál Ondřej, Ing., Ph.D. (UITS FIT VUT), člen
Matoušek Radomil, doc. Ing., Ph.D. (ÚAI FSI VUT), člen
Vašíček Zdeněk, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Citace
JURČA, Jan. Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA. Brno, 2022. Diplomová práce. Vysoké učení technické v Brně, Fakulta informačních technologií. 2022-06-21. Vedoucí práce Smatana Stanislav. Dostupné z: https://www.fit.vut.cz/study/thesis/25131/
BibTeX 
@mastersthesis{FITMT25131,
    author = "Jan Jur\v{c}a",
    type = "Diplomov\'{a} pr\'{a}ce",
    title = "Webov\'{a} aplik\'{a}cia pre v\'{y}ber sekvena\v{c}n\'{y}ch primerov pre amplik\'{o}nov\'{e} sekvenovanie 16S rRNA",
    school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
    year = 2022,
    location = "Brno, CZ",
    language = "czech",
    url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/25131/"
}

Závěrečné práce

Nahoru