Fakulta informačních technologií VUT v Brně

Ing.

Tomáš Martínek

Ph.D.

Odborný asistent

+420 54114-1350
martinto@fit.vut.cz
Pracovna asistentů L331

Publikace

  • 2018

    PUTEROVÁ Janka a MARTÍNEK Tomáš. digIS: automated pipeline for detecting distant, novel insertion sequence elements in prokaryotes. In: Data & Knowledge 2018. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2018, s. 1-5. ISBN 978-80-214-5679-2.
    Detail

    MUSIL Miloš, MARTÍNEK Tomáš a ZENDULKA Jaroslav. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. In: DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno, 2018, s. 1-4.
    Detail

    SUMBALOVÁ Lenka, ŠTOURAČ Jan, MARTÍNEK Tomáš, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. HotSpot Wizard 3.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries based on Sequence Input Information. Nucleic Acids Research, roč. 2018, č. 24, s. 1-7. ISSN 1362-4962.
    Detail

    HON Jiří, MARUŠIAK Martin, MARTÍNEK Tomáš, ZENDULKA Jaroslav, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. SoluProt: Prediction of Protein Solubility. In: DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2018, s. 261-265. ISBN 978-80-214-5679-2.
    Detail

  • 2017

    MUSIL Miloš, ŠTOURAČ Jan, BENDL Jaroslav, BREZOVSKÝ Jan, PROKOP Zbyněk, ZENDULKA Jaroslav, MARTÍNEK Tomáš, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. Nucleic Acids Research, roč. 2017, č. 45, s. 393-399. ISSN 1362-4962.
    Detail

    HON Jiří, MARTÍNEK Tomáš, ZENDULKA Jaroslav a LEXA Matej. pqsfinder: an exhaustive and imperfection-tolerant search tool for potential quadruplex-forming sequences in R. Bioinformatics, roč. 33, č. 21, s. 3373-3379. ISSN 1367-4803.
    Detail

    PUTEROVÁ Janka, RAZUMOVA Olga, MARTÍNEK Tomáš, ALEXANDROV Oleg, DIVASHUK Mikhail, KUBÁT Zdeněk, HOBZA Roman, KARLOV Gennady a KEJNOVSKÝ Eduard. Satellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes. Genome Biology and Evolution, roč. 9, č. 1, s. 197-212. ISSN 1759-6653.
    Detail

  • 2016

    BRÁZDOVÁ Marie, TICHÝ Vlastimil, HELMA Robert, BAŽANTOVÁ Pavla, POLÁŠKOVÁ Alena, KREJČÍ Aneta, PETR Marek, NAVRÁTILOVÁ Lucie, TICHÁ Olga, NEJEDLÝ Karel, BENNINK Martin L., SUBRAMANIAM Vinod, BÁBKOVÁ Zuzana, MARTÍNEK Tomáš, LEXA Matej a ADÁMIK Matej. p53 Specifically Binds Triplex DNA In Vitro and in Cells. PLoS ONE, roč. 11, č. 12, s. 1-25. ISSN 1932-6203.
    Detail

  • 2014

    LEXA Matej, ŠTEFLOVÁ Pavlína, MARTÍNEK Tomáš, VORLÍČKOVÁ Michaela, VYSKOT Boris a KEJNOVSKÝ Eduard. Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements. BMC Genomics, roč. 15, č. 1032, s. 1-12. ISSN 1471-2164.
    Detail

    POLČÁK Libor, HRANICKÝ Radek a MARTÍNEK Tomáš. On Identities in Modern Networks. The Journal of Digital Forensics, Security and Law, roč. 2014, č. 2, s. 9-22. ISSN 1558-7215.
    Detail

    LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš a BRÁZDOVÁ Marie. Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome: In silico study using the R/Bioconductor package triplex. In: Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Angers: SciTePress - Science and Technology Publications, 2014, s. 80-88. ISBN 978-989-758-012-3.
    Detail

    POLČÁK Libor, MARTÍNEK Tomáš, HRANICKÝ Radek, BÁRTA Stanislav, HOLKOVIČ Martin, FRANKOVÁ Barbora a KRAMOLIŠ Petr. Zákonné odposlechy v moderních sítích - Shrnutí výsledků skupiny pro zákonné odposlechy projektu Moderní prostředky pro boj s kybernetickou kriminalitou na Internetu nové generace. FIT-TR-2014-07, Brno: Fakulta informačních technologií VUT v Brně, 2014.
    Detail

  • 2013

    BRÁZDOVÁ Marie, MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor. In: ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory. Donovaly: CreativeSpace Independent Publishing Platform, 2013, s. 42-46. ISBN 978-1-4909-5208-6.
    Detail

    HON Jiří, MARTÍNEK Tomáš, RAJDL Kamil a LEXA Matej. Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences. Bioinformatics, roč. 29, č. 15, s. 1900-1901. ISSN 1367-4803.
    Detail

  • 2012

    MARTÍNEK Tomáš, KRAMOLIŠ Petr, HOLKOVIČ Martin a POLČÁK Libor. Dynamická identifikace uživatelů v prostředí sítí IPv4 a IPv6. FIT-TR-2012-006, Brno: Fakulta informačních technologií VUT v Brně, 2012.
    Detail

  • 2011

    LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš, BURGETOVÁ Ivana, KOPEČEK Daniel a BRÁZDOVÁ Marie. A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences. Bioinformatics, roč. 27, č. 18, s. 2510-2517. ISSN 1367-4803.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection. In: 22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors. Santa Monica, California: IEEE Computer Society, 2011, s. 239-242. ISBN 978-1-4577-1290-6.
    Detail

    POLČÁK Libor, KRAMOLIŠ Petr, KAJAN Michal a MARTÍNEK Tomáš. Architektura systému pro zákonné odposlechy. FIT-TR-2011-008, Brno: Fakulta informačních technologií VUT v Brně, 2011.
    Detail

  • 2010

    MARTÍNEK Tomáš. Evaluation of Biological Sequence Similarity Using FPGA Technology. Information Sciences and Technologies Bulletin of the ACM Slovakia, roč. 2, č. 2, s. 93-102. ISSN 1338-1237.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. Hardware Acceleration of Approximate Tandem Repeat Detection. In: IEEE Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines. Charlotte: IEEE Computer Society, 2010, s. 79-86. ISBN 978-0-7695-4056-6.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš a ŽÁDNÍK Martin. Precise Timestamp Generation Module and its Applications in Flow Monitoring. Networking Studies IV, Selected Technical Reports. Praha: CESNET, zájmové sdružení právnických osob, 2010, s. 45-56. ISBN 978-80-904173-8-0.
    Detail

  • 2009

    MARTÍNEK Tomáš, LEXA Matej a VOŽENÍLEK Jan. Architecture model for approximate palindrome detection. In: 2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems. Liberec: IEEE Computer Society, 2009, s. 90-95. ISBN 978-1-4244-3339-1.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš. Architektura sběrnice PCI, PCI-X a PCI Express. In: Sborník příspěvků 35. konference Europen. Plzeň: Česká společnost uživatelů otevřených systémů EurOpen.CZ, 2009, s. 37-50. ISBN 978-80-86583-17-4.
    Detail

  • 2008

    MÁLEK Tomáš, MARTÍNEK Tomáš a KOŘENEK Jan. GICS: Generic Interconnection System. In: 2008 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Heidelberg: IEEE Computer Society, 2008, s. 263-268. ISBN 978-1-4244-1960-9.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš a LEXA Matej. Hardware Acceleration of Approximate Palindromes Searching. In: The International Conference on Field-Programmable Technology. Taipei: IEEE Computer Society, 2008, s. 65-72. ISBN 978-1-4244-2796-3.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš a KOŠEK Martin. NetCOPE: Platform for Rapid Development of Network Applications. In: Proc. of 2008 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems Workshop. Bratislava: IEEE Computer Society, 2008, s. 219-224. ISBN 978-1-4244-2276-0.
    Detail

  • 2007

    MARTÍNEK Tomáš, LEXA Matej, BECK Patrik a FUČÍK Otto. Automatic Generation of Circuits for Approximate String Matching. In: 2007 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems. Krakow: IEEE Computer Society, 2007, s. 203-208. ISBN 1-4244-1161-0.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš. Automatizované mapování architektur s proměnným počtem výpočetních elementů. In: Počítačové architektury a diagnostika 2007. Česko-slovenský seminář pro studenty doktorandského studia. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, s. 77-83. ISBN 978-80-7043-605-9.
    Detail

    SEKANINA Lukáš a MARTÍNEK Tomáš. Evolving Image Operators Directly in Hardware. Genetic and Evolutionary Computation for Image Processing and Analysis. EURASIP Book Series on Signal Processing and Communications, Volume 8. New York: Hindawi Publishing Corporation, 2007, s. 93-112. ISBN 978-977-454-001-1.
    Detail

    LEXA Matej, MARTÍNEK Tomáš, BECK Patrik, FUČÍK Otto, VALLE Giorgio a ZARA Ivano. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. In: 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: European Council for Modelling and Simulation, 2007, s. 333-338. ISBN 978-0-9553018-2-7.
    Detail

    DEDEK Tomáš, MAREK Tomáš a MARTÍNEK Tomáš. High Level Abstraction Language as an Alternative to Embeded Processors for Internet Packet Processing in FPGA. In: 2007 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Amsterdam: IEEE Computer Society, 2007, s. 648-651. ISBN 1-4244-1060-6.
    Detail

    TOBOLA Jiří, KOTÁSEK Zdeněk, KOŘENEK Jan, MARTÍNEK Tomáš a STRAKA Martin. Online Protocol Testing for FPGA Based Fault Tolerant Systems. In: 10th EUROMICRO Conference on Digital System Design DSD 2007. Lubeck, Germany: IEEE Computer Society, 2007, s. 676-679. ISBN 0-7695-2978-X.
    Detail

  • 2006

    MARTÍNEK Tomáš, LEXA Matej, KOŘENEK Jan a FUČÍK Otto. A flexible technique for the automatic design of approximate string matching architectures. In: Proc. of 2006 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems Workshop. Praha: IEEE Computer Society, 2006, s. 83-84. ISBN 1-4244-0184-4.
    Detail

    SEKANINA Lukáš, MARTÍNEK Tomáš a GAJDA Zbyšek. Extrinsic and Intrinsic Evolution of Multifunctional Combinational Modules. In: 2006 IEEE World Congress on Computational Intelligence. CA: IEEE Computational Intelligence Society, 2006, s. 9676-9683. ISBN 0-7803-9489-5.
    Detail

    ČERNÝ Stanislav, STRUŽKA Petr, KOŘENEK Jan, MARTÍNEK Tomáš a KOTÁSEK Zdeněk. FPGA Components in Simulink. In: Proceedings of XXVIIIth International Autumn Colloquium ASIS 2006. Ostrava: MARQ, 2006, s. 158-163. ISBN 80-86840-26-3.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš, KOŘENEK Jan a NOVOTNÝ Jiří. Network Monitoring Adaptor for 10Gbps Technology using FPGA. In: CESNET Conference 2006 Proceedings. Prague : CESNET, z. s. p. o.: CESNET, zájmové sdružení právnických osob, 2006, s. 143-151. ISBN 978-80-239-6533-9.
    Detail

  • 2005

    MARTÍNEK Tomáš a SEKANINA Lukáš. An Evolvable Image Filter: Experimental Evaluation of a Complete Hardware Implementation in FPGA. In: Evolvable Systems: From Biology to Hardware. Lecture Notes in Computer Science, roč. 3637. Berlin: Springer Verlag, 2005, s. 76-85. ISBN 978-3-540-28736-0.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš. Analýza datových toků s využitím sebe-rekonfigurovatelných automatů. In: Sborník příspěvků ze semináře Počítačové Architektury a Diagnostika. Praha: Fakulta elektrotechniky ČVUT, 2005, s. 119-124. ISBN 80-01-03298-1.
    Detail

    MARTÍNEK Tomáš, ZEMČÍK Pavel a KOŘENEK Jan. FPGA-Based Platform for Network Applications. In: Proc. of 8th IEEE Design and Diagnostic of Electronic Circuits and Systems Workshop. Sopron: University of West Hungary, 2005, s. 194-197. ISBN 963-9364-48-7.
    Detail

  • 2004

    MARTÍNEK Tomáš, KOŘENEK Jan a NOVOTNÝ Jiří. Passive network monitoring adapter intended for 10Gbps technology. In: Sborník příspěvků z XXV. konference Europen. Plzeň: Česká společnost uživatelů otevřených systémů EurOpen.CZ, 2004, s. 55-63. ISBN 80-86583-07-4.
    Detail

  • 2002

    MARTÍNEK Tomáš. Deterministic parallel LR parsing. In: Proceedings of 8th conference and competition STUDENT EEICT 2002. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2002, s. 192-194. ISBN 80-214-2114-2.
    Detail

Nahoru