Detail produktu
FireProt-ASR
Vznik: 2019
Khan Rayyan T., M.Sc. (LL)
Beier Andy, Dr. (LL)
Štourač Jan (LL)
Konegger Hannes (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
proteinové inženýrství, thermostabiliní proteiny, ancestrální rekonstrukce, evoluční design, stabilita proteinů
FireProt-ASR je webová služba sloužící k plně automatizovanému použití ancestrální rekonstrukce. FireProt-ASR dovoluje uživatelům provést ancestrální rekonstrukci s využitím pouze jediné startovní sekvence. Nástroj nejprve zkompiluje ataset katalyticky relevantních proteinů a tento dataset následně zredukuje na požadovanou velikost biologicky relevantních sekvencí. Sekvence jsou následně zarovnány, je zkonstruován fylogenetický strom a je provedena rekonstrukce ancestrálních uzlů společně s opravou ancestrálních mezer. Uživateli je rovněž dovoleno použít vlastní data a zahájit výpočet z různých částí výpočetního prostředí.
Nástroj je dostupný na internetové adrese:
http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr