Detail práce
Tool for Visualization of Microbiome Data
Táto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou.
16S rRNA, bioinformatika, Bray-Curtis odlišnosť, dištančná matica, DNA, Emperor, fylogenetický strom, metagenomika, mikrobióm, mikrobiota, PCA, PCoA, RNA, Tensorflow Embedding Projector, UniFrac, vizualizácia
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C.
- Jakým způsobem jsou z mikrobiálních dat typu sekvence 16SrRNA získány vektory hodnot pro PCA/PCoA analýzu a co tyto hodnoty reprezentují?
- V čem vnímáte největší výhodu použití nástroje ve spojení s databází?
- Proč výpočet pro PCoA trvá tak dlouho?
- Existují i jiné metody?
Hradiš Michal, Ing., Ph.D. (UPGM FIT VUT), člen
Jaroš Jiří, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT), člen
Křivka Zbyněk, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT), člen
@bachelorsthesis{FITBT24220,
author = "Silvia Mi\v{s}\'{a}kov\'{a}",
type = "Bakal\'{a}\v{r}sk\'{a} pr\'{a}ce",
title = "Tool for Visualization of Microbiome Data",
school = "Vysok\'{e} u\v{c}en\'{i} technick\'{e} v Brn\v{e}, Fakulta informa\v{c}n\'{i}ch technologi\'{i}",
year = 2021,
location = "Brno, CZ",
language = "english",
url = "https://www.fit.vut.cz/study/thesis/24220/"
}